Mae'r protocol rheoli cronfeydd dŵr rhwng Cyfoeth Naturiol Cymru, Asiantaeth yr Amgylchedd a Hafren Dyfrdwy yn darparu set fanwl o reolau ar reoli lefelau dŵr. Mae grŵp cyswllt Efyrnwy a Chlywedog yn cyfarfod ddwywaith y flwyddyn i drafod unrhyw faterion ac i esbonio penderfyniadau'n ymwneud â’r gwaith o reoli'r gronfa dŵr.