Mae perthynas y Comisiwn â bwrdd pensiynau cynllun pensiwn Aelodau'r Senedd wedi ei chyfyngu i enwebu dau o'r pum ymddiriedolwr sy'n eistedd ar fwrdd pensiynau cynllun pensiwn Aelodau'r Senedd. Caiff dau ymddiriedolwr arall eu henwebu'n uniongyrchol gan Aelodau o'r Senedd ac mae'r un ymddiriedolwr arall yn annibynnol ac wedi ei phenodi gan y bwrdd taliadau. Mae'r Comisiwn yn talu cyfraniadau i'r cynllun pensiwn ar gyfradd a bennir gan actiwari'r cynllun ac mae'r Comisiwn hefyd yn cyflogi'r staff sy'n gweinyddu'r cynllun pensiwn ar ran yr ymddiriedolwyr.