Ni all y Comisiwn ddylanwadu ar y modd y caiff asedau cynllun pensiwn Aelodau'r Cynulliad eu dyrannu. Mae’r pŵer i fuddsoddi asedau’r cynllun yn gyfan gwbl yn nwylo’r bwrdd pensiynau. Mae’r bwrdd hwnnw yn annibynnol o'r Comisiwn. Y bwrdd pensiynau yn ei gyfanrwydd fydd yn penderfynu sut i fuddsoddi’r asedau, a hynny ar sail y cyngor a gaiff gan ei gynghorwyr buddsoddi.

O ran staff y Comisiwn, cynllun heb ei ariannu yw cynllun pensiwn y gwasanaeth sifil ac felly nid oes ganddo asedau i’w buddsoddi. Defnyddir refeniw trethi i dalu’r buddion yn hytrach nag asedau a roddir o’r neilltu.